水產em菌種中有益微生物(硝化細菌，光合細菌，硫化細菌，芽孢桿菌等凈水微生物)它們的使養殖者在不中斷養殖過程的情況下，清除池塘長時間養殖水域底部，尤其是老蝦池底積累大量的殘余飼料，排泄物，動植物殘體以及有害氣體(氨，硫化氫等)，使之先分解為小分子(多肽，高極脂肪酸等)，后為更小分子有機物(氨基酸，低極脂肪酸，單糖，環烴等)，最終分解為二氧化碳，硝酸鹽，硫酸鹽等有效地降低了水中COD，BOD，使水體中的氨氮(NH4-N)與亞硝酸氮(NO2-N)降低，起到了凈化水質的作用。且能為單細胞藻類為主的浮游植物的繁殖提供營養物質，促進藻類為主的浮游植物的繁殖，這些藻類為主的浮游植物的光合作用，又為池內底棲動物，水產動物的呼吸，有機物的分解提供氧氣，從而形成一個良性的生態循環，有利于水產動物的迅速生長，其主要營養物質循環。同時由于凈水微生物的大量繁殖，在池內形成優勢種，可抑制病原微生物的繁殖，減少疾病發生。